所谓洁净室的压差就是使洁净室与周围的空间必须维持一定的静压差，对厂房外环境、洁净度不同的洁净室之间，或洁净室与一般房间之间保持适当的压差值。其目的是为了保证洁净室在正常工作或空气平衡暂时受到破坏时，洁净室的洁净度免受邻室的污染或污染邻室。洁净室与邻室维持正的静压差（简称正压）是较为常见的情况，实际工程中的工业洁净室和一般生物洁净室都是采用维持正压。但对于使用有毒、有害气体或使用易燃易爆溶剂或有高粉尘操作的洁净室；生产致敏性药物、高活性药物的生物洁净室以及其他有特殊要求的生物洁净室需要维持负的静压差（简称负压）。
当不同空气洁净度等级或产品生产工艺性质不同的房间之间按规定维持一定的静压差时，相邻洁净室（区）之间，如果静压差过大或因建造原因带来的缝隙，将会造成不应该出现的空气泄漏，严重时会使洁净室内的气流紊乱，所以洁净室（区）之间的静电压范围应为5-20PA，并应采取可行的技术措施控制洁净室（区）之间的静压差。